基础医学院目前设教学副院长1人，兼基础医学院党支部书记，全面负责基础医学院党建及教学管理工作。基础医学院设有综合管理科、教学管理科、科研管理科三个行政科室，目前已配齐教学管理科科长1名（正科），综合管理科科长1名（正科），科研管理科暂缺，由教学管理科代管。学院下设五个教研室（中心），分别为解剖生理教研室、药理病理教研室、生物遗传教研室、微生物免疫生化教研室、基础医学实训中心，负责基础医学各学科教学及管理工作。